Na primeira fase os times estão divididos em cinco grupos de oito equipes. Classificarão os três melhores de cada e mais o quarto melhor colocado.

Na segunda fase, os 16 classificados formarão quatro grupos, classificando-se dois para a terceira fase, que também terá grupos de quatro equipes. Os dois melhores avançam para a fase semifinal, que irá decidir o acesso para o Paulistão A3 de 2019.

Além disso, a principal novidade do Campeonato Paulista da Segunda Divisão é que será disputado apenas por jogadores com até 23 anos.