Na primeira fase, os 29 clubes estão divididos em quatro grupos, três chaves com sete times e um com oito clubes, já que o Guaratinguetá desistiu da competição antes mesmo de seu começo. Os times jogarão em turno e returno e os quatro melhores avançarão para a fase seguinte. Para dar mais datas aos clubes, em vez de irem direto ao mata-mata, os 16 classificados serão divididos em quatro grupos, que jogarão em turno e returno dentro do grupo.

Essa formação dos grupos será definida por meio de sorteio. Serão separados quatro potes: um com os primeiros colocados da fase anterior, um com os segundos, um com os terceiros e um com os quartos. Os times jogarão em turno e returno, sendo que os dois primeiros colocados avançam para as quartas de final.

A partir daí começa o mata-mata, em turno e returno. O time de melhor campanha geral encara, nas quartas de final, a oitava melhor campanha, assim como na semifinal e final. Os times de melhores campanha tem a vantagem de fazer o segundo jogo em casa.