A Copa do Brasil 2018 é um torneio mata-mata com oito fases, sendo que nas duas primeiras fases, os confrontos serão disputados em jogo único, e nas fases restantes, em partidas de ida e volta.

Na primeira fase, em caso de empate, o time que tiver o melhor ranking avança. Já na segunda fase, em caso de empate, o classificado será conhecido por meio da disputa de pênaltis. A partir da terceira fase, o primeiro critério de desempate é o saldo de gols. Permanecendo a igualdade, disputa de pênaltis.

Os clubes serão distribuídos em grupos de dois, em cada fase, sempre classificando-se um clube para a próxima fase, observada a seguinte sequência:

Primeira Fase: 80 clubes distribuídos em 40 grupos de dois clubes cada;
Segunda Fase: 40 clubes distribuídos em 20 grupos de dois clubes cada;
Terceira Fase: 20 clubes distribuídos em 10 grupos de dois clubes cada;
Quarta Fase: 10 clubes distribuídos em cinco grupos de dois clubes cada;

Quinta Fase: 16 clubes, sendo os cinco oriundos da Quarta Fase, mais 11 clubes - os brasileiros na Libertadores 2018, o campeão da Copa do Nordeste, da Copa Verde e da Série B do Brasileiro de 2017 - distribuídos em oito grupos de dois clubes cada;

Sexta Fase: oito clubes distribuídos em quatro grupos de dois clubes cada;

Sétima Fase (Semifinal): quatro clubes distribuídos em dois grupos de dois clubes cada;

Oitava Fase (Final): dois clubes em um grupo.